Instytut Botaniki

Zakład Ekologii Roślin
Instytut Botaniki, Uniwersytet Jagielloński
ul. Gronostajowa 3, 30-387 Kraków, pokój 0.27
e-mail: szymon.zubek@uj.edu.pl
tel.: 12 664-69-26
ORCiD https://orcid.org/0000-0003-1338-9572
Scopus https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=24485694800
Research Gate https://www.researchgate.net/profile/Szymon_Zubek

• 2020 – Profesor nauk ścisłych i przyrodniczych
• 2013 – Doktor habilitowany nauk biologicznych, Wydział Biologii i Nauk o Ziemi, Uniwersytet Jagielloński
• 2007 – Doktor nauk biologicznych, WBiNoZ, UJ
• 2002-2006 – Środowiskowe Studium Doktoranckie, WBiNoZ, UJ
• 2000-2002 – Studium Pedagogiczne, UJ
• 2002 – Magister biologii, WBiNoZ, UJ
• 1997-2002 – Studia magisterskie, WBiNoZ, UJ

• Od 10.2009 – Uniwersytet Jagielloński, Wydział Biologii, Instytut Botaniki; adiunkt (2009-2019), profesor UJ (2019-2020), profesor (od 2020)
• 11.2006-09.2009 – Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum, Wydział Farmaceutyczny, Katedra i Zakład Botaniki Farmaceutycznej; asystent (11.2006-09.2007), adiunkt (10.2007-09.2009)

• Ekologia grzybów mykoryzowych
• Mikrobiologia gleby
• Wpływ grzybów arbuskularnych na produkcję metabolitów wtórnych przez rośliny
• Interakcje roślin inwazyjnych z mikroorganizmami glebowymi
• Mykoryza arbuskularna, struktura zespołów mikroorganizmów i procesy glebowe w lasach klimatu umiarkowanego
• Zastosowanie mikroorganizmów glebowych w aktywnej ochronie zagrożonych gatunków roślin

• Kierownik projektu OPUS pt. „Kompleksowa analiza interakcji pomiędzy roślinami zielnymi a właściwościami mikrobiologicznymi i fizykochemicznymi gleb w lasach liściastych klimatu umiarkowanego jako podstawa skutecznej ochrony bioróżnorodności tych ekosystemów”,  Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2017/27/B/NZ9/01297 (2018-2021)
• Opiekun naukowy projektu PRELUDIUM pt. „Porównanie wpływu czternastu gatunków drzew na wykształcenie warstwy roślin zielnych, właściwości fizykochemiczne gleby oraz występowanie, bogactwo gatunkowe oraz skład gatunkowy grzybów arbuskularnych”, Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2017/27/N/NZ8/00999 (2018-2021)
• Wykonawca projektu OPUS pt. "Zmiany w ekosystemie w wyniku inwazji Reynoutria japonica: powiązanie ilości i chemicznej jakości biomasy roślinnej z właściwościami gleby". Narodowe Centrum Nauki, nr proj. UMO-2016/23/B/NZ8/00564 (2017-2020)
• Wykonawca projektu OPUS pt. "Jaka jest prawdziwa różnorodność środkowoeuropejskich traworośli? - analiza podziemnych elementów zbiorowisk roślinnych metodą metabarkodingu wielu loci". Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2017/25/B/NZ8/00572 (2017-2020)
• Kierownik projektu OPUS pt. "Interakcje roślin inwazyjnych z mikroorganizmami glebowymi". Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2011/03/B/NZ8/00008 (2012-2016)
• Główny wykonawca projektu OPUS pt. "Badania różnorodności morfologicznej i molekularnej arbuskularnych grzybów mikoryzowych (AGM) stanowisk wydmowych Słowińskiego Parku Narodowego i pochodzących z innych kolekcji oraz sukcesja AGM w polu deflacyjnym tego parku". Narodowe Centrum Nauki, nr proj. 2012/05/B/NZ8/00498 (2013-2016)
• Kierownik projektu pt. "Wpływ grzybów arbuskularnych na przyrost biomasy, witalność oraz produkcję metabolitów wtórnych przez wybrane gatunki roślin leczniczych". Ministerstwo Nauki i Szkolnictwa Wyższego, nr proj. N N304 381939 (2010-2013)
• Kierownik projektu pt. "Endofity korzeniowe wybranych gatunków roślin zarodnikowych z Parku Narodowego Celaque w Hondurasie". Wydział Biologii i Nauk o Ziemi UJ, nr proj. WRBW/BiNoZ/IB/15/2010 (2010)
• Kierownik projektu pt. "Znaczenie mikoryzy dla upraw wybranych gatunków roślin z kolekcji Ogrodu Roślin Leczniczych Wydziału Farmaceutycznego UJ Collegium Medicum i wartości terapeutycznej uzyskanych z nich surowców". Wydział Farmaceutyczny UJ CM, nr proj. K/ZBW/000242 (2008-2009)
• Wykonawca projektu pt. "Roślinne kultury in vitro biotechnologicznym źródłem biologicznie czynnych metabolitów". Wydział Farmaceutyczny UJ CM, nr proj. 501/P/192/F (2007-2009)
• Główny wykonawca projektu promotorskiego pt. "Mikoryza arbuskularna tatrzańskich roślin rzadkich i zagrożonych". Ministerstwo Edukacji i Nauki, nr proj. 2 P04G 00628 (2005-2006)

• Uczestnik programu Unii Europejskiej COST Action FP1305 BioLink "Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests" (2015-2018)
• Wykonawca programu realizowanego w ramach współpracy międzynarodowej Polska – RPA, realizowanej przez UJ oraz Materials Research Group, iThemba Labs, RPA. South African National Research Foundation (NRF), Komitet Badań Naukowych – Polish-South African cooperation research program (2001-2003)
• Uczestnik programu Unii Europejskiej COST Action 8.38 "Managing arbuscular mycorrhizal fungi for improving soil quality and plant health in agriculture" (2000-2006)
• Uczestnik programu Unii Europejskiej COST Action 631 "Understanding and modelling plant-soil interactions in the rhizosphere environment" (2000-2006)
• Wykonawca projektu badawczego MYCOREM - EU Project "The use of mycorrhizal fungi in phytoremediation projects". Fifth Framework Programme, Life Sciences, QLR3-1999-00097 (2000-2002)

Staże naukowe: Materials Research Group, iThemba Labs, RPA (2001); Instytut Dendrologii PAN, Kórnik (2012); Instytut Włókien Naturalnych i Roślin Zielarskich, Poznań (2012); Centre for Organismal Studies, University of Heidelberg, Niemcy (2017); Department of Agriculture, Food and  Environment, Univeristy of Pisa, Włochy (2018); Department of Biology and Ecology, University of Ostrava, Czechy (2018); Gruzja – wyprawa naukowo-eksploracyjna (2015); Liczne wyjazdy badawcze obejmujące obszar Polski (od 2003)

Udział w komitetach organizacyjnych międzynarodowych konferencji naukowych

• The meeting of COST Action FP1305 BioLink: Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests, 17-19 March 2015, Kraków, Poland
• 7th International Symbiosis Society Congress "The earth's vast symbiosphere", 22-28 July 2012, Kraków, Poland
• Plant-Microbial Interactions, 2-6 July 2008, Kraków, Poland

Recenzje dla czasopism naukowych z bazy Thomson Reuters Journal Citation Reports

• Acta Biologica Cracoviensia Series Botanica
• Acta Physiologiae Plantarum
• American Fern Journal
• Applied Soil Ecology
• Aquatic Botany
• Archives of Agronomy and Soil Science
• Biological Invasions
• FEMS Microbiology Letters
• Frontiers in Plant Science
• Fuctional Ecology
• Fungal Ecology
• Industrial Crops and Products
• Journal of Ecology
• Journal of Plant Interactions
• Journal of Plant Research
• Journal of Soils and Sediments
• Land Degradation and Development
• Microbial Ecology
• Molecular Plant-Microbe Interactions
• Mycorrhiza
• Oikos
• Pedosphere
• Plant Biosystems
• Plant Species Biology
• Plant and Soil
• PlosONE
• Restoration Ecology
• Revista de Biologia Tropical - International Journal of Tropical Biology and Conservation
• Science of the Total Environment
• Scientia Horticulturae
• Soil Biology and Biochemistry
• Symbiosis

Udział w ewaluacji projektów badawczych

• Recenzje wniosków zgłaszanych w konkursach Czech Science Foundation (Republika Czeska)
• Recenzje wniosków zgłaszanych w ramach konkursu „Iuventus Plus" Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego
• Recenzje wniosków zgłaszanych w ramach konkursu „Diamentowy Grant" Ministerstwa Nauki i Szkolnictwa Wyższego

Członkostwo w towarzystwach naukowych

• International Mycorrhiza Society (od 2017)
• International Symbiosis Society (od 2017)
• Polskie Towarzystwo Mykologiczne (od 2011)
• Polskie Towarzystwo Botaniczne (od 2002)

Członkostwo w komisjach programowych, egzaminacyjnych i oceniających efekty kształcenia

• Członek wydziałowej komisji rekrutacyjnej na studia III stopnia (UJ, 2017)
• Przewodniczący komisji rekrutacyjnej na studia III stopnia w Instytucie Botaniki (UJ, od 2017)
• Członek komisji rekrutacyjnej na studia III stopnia w Instytucie Botaniki (UJ, 2015-2016)
• Przewodniczący komisji rekrutacyjnej na studia II stopnia kierunku biologia i geologia specjalność ochrona przyrody (UJ, 2014)
• Członek zespołu ds. reformy programu kierunku biologia (UJ, 2014-2015)
• Członek zespołu ds. oceny efektów kształcenia na kierunku biologia i geologia specjalność ochrona przyrody (UJ, 2013-2015)

Funkcje

• Dyrektor Instytutu Botaniki UJ (od 09.2020)
• Kierownik Zakładu Ekologii Roślin IB UJ (10.2017-09.2020)
• Wicedyrektor Instytutu Botaniki UJ ds. naukowych (od 11.2016)
• Kierownik Zakładu Taksonomii, Fitogeografii i Paleobotaniki IB UJ (10.2016-09.2017)

• Nagroda zespołowa I stopnia Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za osiągnięcia w pracy naukowej (2020)
• Nagroda zespołowa I stopnia Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za osiągnięcia w pracy naukowej (2018)
• Nagroda zespołowa III stopnia Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za osiągnięcia w pracy naukowej (2017)
• Nagroda zespołowa II stopnia Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za osiągnięcia w pracy naukowej (2016)
• Stypendium Ministra Nauki i Szkolnictwa Wyższego dla wybitnych młodych naukowców (2013-2016)
• Wyróżnienie za wysoką jakość pracy dydaktycznej w roku akademickim 2013/14, UJ (2015)
• Nagroda zespołowa I stopnia Rektora Uniwersytetu Jagiellońskiego za szczególne osiągnięcia w pracy naukowej (2011)
• Dyplom uznania za wybitną rozprawę doktorską, UJ (2007)
• Stypendium Ministra Edukacji Narodowej za wysokie wyniki w nauce i szczególne osiągnięcia w pracy naukowej (2001/2002)
• Stypendium Funduszu Uniwersytetu Jagiellońskiego im. Stanisława Estreichera za wysokie wyniki w nauce i szczególne osiągnięcia w pracy naukowej (2001/2002)

Prowadzenie kursów

• Methods in environmental sciences and nature conservation (od 2018)
• Biologia grzybów (od 2016)
• Różnorodność i ewolucja roślin, glonów i grzybów (od 2016)
• Diversity and evolution of plants (od 2015)
• Warsztaty botaniczne (od 2015)
• Nowe osiągnięcia, odkrycia w botanice (od 2014)
• Grzyby w biotechnologii i medycynie (od 2010)
• Grzyby i porosty (od 2010)
• Mikologia z elementami mikrobiologii (2011-2014)
• Mikologia systematyczna (2009-2016)
• Botanika systematyczna (2002-2006, 2010)
• Botanika farmaceutyczna (2007-2009)
• Znaczenie lecznicze i toksykologiczne grzybów wielkoowocnikowych (2008-2009)
• Ekologia grzybów (2002-2006)
• Ekologia mikoryz (2002-2006)
• Obsługa programów komputerowych (2003)
• Biomonitoring środowiska (2003-2004)

Opieka naukowa

• Prace doktorskie - 2
• Prace magisterskie - 10
• Prace licencjackie - 10
• Staże naukowe - 4

ORCiD https://orcid.org/0000-0003-1338-9572
Scopus https://www.scopus.com/authid/detail.uri?authorId=24485694800
Research Gate https://www.researchgate.net/profile/Szymon_Zubek

• 62nd Annual Symposium "Vegetation Science and Biodiversity Research" IAVS -Bremen, Germany – 2019
• 58 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Kraków – 2019
• 9th International Conference on Mycorrhiza (ICOM9), Prague, Czech Republic – 2017
• Belowground biodiversity and global change. The meeting of COST Action FP1305 BioLink: Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests, Průhonice, Czech Republic - 2016
• 57 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Lublin – 2016
• 8th Congress of International Symbiosis Society, Lisbon, Portugal - 2015
• Belowground biodiversity in changing environment. The meeting of COST Action FP1305 BioLink: Linking soil biodiversity and ecosystem function in European forests, Kraków, Poland - 2015
• Warsztaty Polskiego Towarzystwa Mykologicznego. Grzyby – organizmy kluczowe dla życia na Ziemi, Łódź-Spała - 2014
• The First Interdisciplinary Symposium. Biogeography of the Carpathians: Evolution of Biodiversity in a Spatiotemporal Context, Kraków, Poland - 2013
• 7th International Symbiosis Society Congress, Kraków, Poland - 2012
• International Biological Conference on the Middle and Central Asia Biodiversity and its Conservation, Ostrava, Czech Republic - 2012
• XXXVIII Zjazd Polskich Ogrodów Botanicznych pod patronatem Rady Ogrodów Botanicznych w Polsce połączony z konferencją pt. Gromadzenie i wykorzystanie kolekcji roślin użytkowych w kraju, Poznań - 2009
• 6th International Symposium on Chromatography of Natural Products, Lublin, Poland - 2008
• International Conference on Plant-Microbial Interactions, Kraków, Poland - 2008
• Eurobiotech – Central European Congress of Life Sciences, Kraków, Poland - 2008
• VIII Ogólnopolska Konferencja - Kultury in vitro w fizjologii roślin, Kraków - 2008
• Eurobiotech – Biotechnology in Agriculture, Kraków - 2007
• 54 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Szczecin - 2007
• International Congress of Symbiosis Society, Viena, Austria - 2006
• Understanding and modelling plant-soil interactions in the rhizosphere environment, COST Action 6.31 Final Meeting, Prague, Czech Republic - 2006
• XVII Botanical Congress, Vienna, Austria - 2005
• Understanding and modelling plant-soil interactions in the rhizosphere environment, COST Action 6.31, Kraków-Tomaszowice - 2005
• Managing Arbuscular Mycorrhizal Fungi for Improving Soil Quality and Plant Health in Agriculture, COST Action 8.38, Granada, Spain - 2004
• 53 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Toruń/Bydgoszcz - 2004
• 4th International Conference on Mycorrhizas, Montreal, Canada - 2003
• 52 Zjazd Polskiego Towarzystwa Botanicznego, Poznań - 2001
• 15th International Symposium on Environmental Biogeochemistry – Biogeochemical Process and Cycling of Elements in the Environment, Wrocław, Poland - 2001