Wydawnictwa
ACTA BIOLOGICA CRACOVIENSIA series Botanica
Od wielu lat w Instytucie Botaniki UJ, w Zakładzie Cytologii i Embriologii Roślin, znajduje się redakcja impaktowego czasopisma Acta Biologica Cracoviensia, series Botanica, wydawanego przez Oddział Krakowski Polskiej Akademii Nauk. Redaktorem czasopisma jest prof. dr hab. Andrzej Joachimiak.
Zeszyty Naukowe UJ, Prace Botaniczne (Botanical Papers)
Varia
Instytut Botaniki UJ wydaje także opracowania naukowe i skrypty dla studentów w postaci wydawnictw nieregularnych (Varia). Ukazały się tu między innymi 3 atlasy rozmieszczenia roślin naczyniowych w Polsce przygotowane przez Pracownię Chorologii Komputerowej IB UJ.
Atlas roślin naczyniowych Tadżykistanu
Arkadiusz Nowak, Maciej Kozak, Marcin Nobis, Grzegorz Kusza (2008): Atlas roślin naczyniowych Tadżykistanu, część I. - Stowarzyszenie Ochrony Przyrody BIOS & Studio IMPRESO, Opole.
Marcin Nobis, Arkadiusz Nowak, Agnieszka Nobis, Sylwia Nowak, Grzegorz Kusza (2011): Atlas of Vascular Plants of Tajikistan, part II. - Opole Scientific Society, Institute of Botany Jagiellonian University, Studio IMPRESO, Kraków-Opole.
Arkadiusz Nowak, Marcin Nobis, Sylwia Nowak, Agnieszka Nobis, Grzegorz Kusza (2011): Atlas of Vascular Plants of Tajikistan, part III. - Institute of Botany Jagiellonian University, Department of Land Protection Opole University, studio IMPRESO, Kraków-Opole.